ԵՊՀ աստվածաբանության ֆակուլտետը 15 տարեկան է: Երեկ համալսարանն այդ առիթով կազմակերպել էր միջոցառում: ԵՊՀ աստվածաբանության ֆակուլտետը 1995 թ.-ի սեպտեմբերի 1-ին հիմնադրել է ՀՀ ԳԱԱ եւ ԵՊՀ պատվավոր դոկտոր, փիլիսոփայության եւ բանասիրության դոկտոր, պրոֆեսոր Շահե արքեպիսկոպոս Աճեմյանը: Նախքան հանդիսավոր արարողությունը, Աստվածաբանության ֆակուլտետի ուսանողներն ու դասախոսական կազմը այցելեցին արքեպիսկոպոս Աճեմյանի շիրմին: Հետո ֆակուլտետի դիմաց, «Փյունիկ» բարեգործական հիմնադրամի աջակցությամբ, կայացավ խաչքարի բացման եւ օծման արարողություն:
Ֆակուլտետի դեկան Անուշավան եպիսկոպոս Ժամկոչյանը նշում է. «Սովետական ժամանակ չկար Աստվածաբանության ֆակուլտետ եւ, ի պատիվ մեր անկախ պետականության, պետական համալսարանի մեջ հիմնվեց այս ֆակուլտետը: Օր օրի աճ ենք արձանագրում, այդ են վկայում հրատարակությունները, ուսանողների թիվը»:
Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնի հրատարակչության տնօրեն Նաթան եպիսկոպոս Հովհաննիսյանի խոսքով, ֆակուլտետի ծնունդի պատճառը ժամանակի պահանջն էր: Ըստ ՀՀ ԿԳ նախարար Արմեն Աշոտյանի, Աստվածաբանության ֆակուլտետը պետություն-եկեղեցի համագործակցության լավագույն օրինակ է. «ԿԳ նախարարությունը եկեղեցու հետ միասին պատրաստ է կյանքի կոչել ցանկացած կրթական նախաձեռնություն: Ֆակուլտետի դերը գիտական հետազոտությունների եւ միջազգայնացման գործում մեծ է: Մեր օրերում հաճախ լսվող կեղծ լիբերալ արժեքներով որոշ մարդկանց հայտարարություններն այն մասին, թե կրթությունը պետք է լինի աշխարհիկ եւ զատվի եկեղեցուց, որ խղճի ազատությունն իրենց ընկալմամբ ազատությունն է խղճից, մեր համակարգի գործունեության մեջ ոչ մի հետեւանք չունեն եւ չեն էլ կարող ունենալ»:
Հայ եկեղեցու պատմության եւ եկեղեցաբանության ամբիոնի հիմնադիր-վարիչ Լեւոն Սարգսյանը նշեց. «Ֆակուլտետի գործունեության ընթացքում որոշեցինք, որ կարեւոր է նաեւ հայ եկեղեցու պատմությունը: Արդեն ունեինք ատվածաբանության եւ կոնի պատմության ամբիոններ, հիմնեցինք հայ եկեղեցու պատմության եւ եկեղեցաբանության ամբիոն: Համոզված էինք, որ այս ամբիոնն էլ իր առաքելությունը կկատարեր»:
Կրթության ոլորտում ներդրած ավանդի համար ՀՀ ԿԳՆ-ի կողմից ֆակուլտետի դեկանը եւ մի շարք դասախոսներ պարգեւատրվեցին ոսկե մեդալներով եւ պատվոգրերով: